卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德饰)在死刑前醒了过来，发现自己被索菲娅(玛丽昂·歌迪亚饰)选中参加了一个可以帮助人类摆脱暴力冲动的计划。Animus虚拟现实机器可以让用户体验祖先的记忆。卡勒姆·林奇在被绑在机器上后，意识到自己是生活在西班牙宗教法庭时期的刺客阿圭拉的后裔。他们在寻找伊甸园苹果，它可以控制自由意志。在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯饰)的压力下，索菲娅不情愿地操纵卡勒姆·林奇回到现代世界寻找伊甸园苹果的下落，威胁着他的身心健康。然而，在穆萨(迈克尔·威廉姆斯饰品)暗示卡勒姆·林奇与杀手同行后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，提醒他艾伦可能有不纯的动机，人类自由意志的命运变得悬而未决...