工藤新一是国内知名的学生探案，在一次查证蒙面人团伙犯罪时不小心被犯罪团伙组员发觉，击晕后喂了奇特的药液，工藤新一变成了小孩子！新一找到常常协助他的阿笠博士研究生，博士研究生为他度身打造出许多特工武器装备。为了更好地避免团伙犯罪对他开展对付，新一决策隐名埋姓，暗地里查证她们，期待能获得解毒药。一日，新一的女朋友毛利兰赶到了阿笠博士的家找寻男朋友的降落，被小兰碰见的新一恼羞成怒虚构了自身名字叫做江户川柯南，接着柯南寄住在了小兰家。小兰的爸爸毛利小五郎是一名私人调查，新一能够籍着和他一起四出审理案件一起查证夜晚人的降落。柯南在中小学了解步美等中小学生，她们一起机构了一个少年侦探对，向犯罪分子开战！